以前の日記『4th paint』でも書いたんだけど
sai には不便な点がいくつかあります。（もちろん、非常に良くできたソフトなんですけどね。）
以下に列挙してみると。

【saiが満たしていない機能】
●複数の『ビュー』を並べられない。
●アルファチャンネルが保存されない。
●ツールの配置が細かく設定できない。
●レイヤーの描画モードが少ない。（Photoshopと比べて）
●アンチエイリアス表示しかされない（非アンチエイリアス表示ができない）

といったところ。

その他の必要な機能としては
【saiが満たしている機能】
○手ぶれ補正（ペンタブのブレ補正）
○ペンのカスタマイズ
○PSDファイル(Photoshop形式)の使用ができる
○用紙の回転

という感じ。
上記の機能を満たしているといいナァと思いつつ。検証してみました。

【検証】
IllustStudio ver 1.0.6 にて検証

●複数の『ビュー』を並べられない。
⇒結果:できました！
[メニュー] > [ウィンドウ(W)] > [ウィンドウ配置(P)] > [新規ウィンドウ(N)]
で実現。これで全体表示を確認しながら部分塗りができます♪

●アルファチャンネルが保存されない。
⇒結果:できました！
[選択範囲レイヤー]をアルファチャンネルのように扱うことができました。
アルファチャンネルのあるPSDファイルを開くとが[選択範囲レイヤー]として読み込まれます

●ツールの配置が細かく設定できない。
⇒結果:できました！
パレットウィンドウが独立しているので自由に配置できます。

●レイヤーの描画モードが少ない。（Photoshopと比べて）
⇒結果:必要機能を満たしてます。
Photoshopと比べると少ないですが、イラスト作成時に必要な『覆い焼き』『焼き込み』があるので問題ないです。

●アンチエイリアス表示しかされない（非アンチエイリアス表示ができない）
⇒結果:できました！
[メニュー] > [ファイル(F)] > [カスタマイズ(Z)] > [環境設定(E)]を選び
左メニューより[キャンバス]の[表示]項目、[表示品質]を[高速]にする。

○手ぶれ補正（ペンタブのブレ補正）
⇒結果:できました！
ペンや鉛筆などの描画ツール選択時、[ツールオプション]パレットで設定可能。
saiっぽい描き味がお好みの方は[補正]>[手ぶれ補正]項目の右側三角をクリックし数値を上げ
[後補正]をoff
[入り抜き]をonにすると良い。

○ブラシのカスタマイズ
⇒結果:できました！
[ペン][鉛筆][筆]ともにかなり細かくカスタマイズする事ができました。

○PSDファイルの使用が出来る。
⇒結果:条件付で出来ました！
PSDファイルの読み込みは可能。
[メニュー] > [ファイル(F)] > [別名で保存(V)]
にてPSD形式の書き出しも可能。
但し、上書き保存時に毎回PSDファイルを選択しなければならないので実作業は独自形式のxpgでした方がよさげ。

○用紙の回転
⇒結果:できました！
[メニュー] > [表示(V)] > [回転・反転(V)]の各項目にて回転可能。ショートカットに割り当てもできます。

【その他役に立った機能】
●CMYKカラー表示
[メニュー] > [表示(V)] > [CMYKカラー(M)] > [CMYKカラー表示(V)]
表示をCMYKカラーでエミュレートしてくれます。紙印刷の校正時に威力を発揮。

●画面キャプチャ機能
[メニュー] > [ファイル(F)] > [キャプチャ(M)]
描いてるさまを動画にキャプチャしてくれます。描画アニメーション作るときに便利。

●透明色描画
色の選択が[基本色][補助色]の他に[透明]が選択できる。
ブラシを描き心地を継承した消しゴムとして活用可能。

【欠点】
欠点と言えるかどうかは分かりませんが。

●範囲選択時など、一部の動作が重い。（saiと比べて）
範囲選択、変形時にいちいち変形用ウィンドウが開く仕様なので、変形に移るまでにコンマ何秒の間がある。
イラスト作成時に変形を多用する場合、微妙に時間がかかります。注意。

●ブラシ選択に2クリック必要(saiと比べて)
saiの場合、手ぶれ補正などの機能を固定したカスタマイズペンを登録できるので1クリックでペンを選択できる。
IllustStudioの場合は
[ペン][鉛筆][筆]
が完全に独立しているのでひとつのカスタマイズブラシを選択するのに
[ペン（アイコンをクリック）] > [ツールセット(カスタマイズしたペンアイコンをクリック)]
という手順を踏む事になる。
例えば、カスタマイズエアブラシとカスタマイズペンを切り替えながら色塗りをしたい場合は地味につらい。

●スポイト機能が[Alt]+[Click]
サイドスイッチに[Alt]+[Click]機能を割り当てられないので画面の色を拾いながらガシガシ塗りたいときに地味に不便。

【結論】
このソフトが6000円というのは価格的にも凄すぎます。
こと『イラストを描く』に関しては、このソフト一本でほぼすべての作業を完結できるでしょう。
手の込んだレタッチをしなければPhotoshopいらず！

よもやsaiの出る幕はないのか！という所ですがお待ちを。
一見、機能的にsaiを凌駕しているように見えますが、本当に『描く事』をだけにこだわった場合、レスポンス面でsaiに軍配が上がります。イラスタは基本的に重い。ペン選択、範囲変形など、地味に地味にその重さを実感する事になります。

補正や編集をしないで直感的に描画だけをしたい方はsaiを使った方が良いのかもしれません。あくまで私の主観ですが。

で、結局どのイラストツールがオススメかというと、総合的にイラスタということになります。この機能性は他のソフトの追随を許さないほど凄い。
漫画原稿作成ツールの COMICSTUDIO やアニメーション作成ツール RETASSTUDIO との親和性も高い。
何度も書きますが、このソフトが6000円というのはヤバすぎます。早速買っちゃいました。
つか、こんな価格設定してたら、他の会社潰れるぞ、まじで。